Avec ses 147 km de côtes, c'est la plus grande de l'archipel, idéale pour en faire le tour paisiblement en voilier. Une myriade de baies et de criques où l'on peut s'arrêter pour plonger les unes après les autres... Il est certainement préférable de les visiter par la mer pour éviter les touristes qui peuplent ces bouts de terre en haute saison ! Cala Biodola, Fetovaia, Cavoli, Sansone et Procchio sont quelques-unes des plages les plus réputées de l'île. Il sera ensuite agréable de descendre à terre en annexe pour découvrir les villes animées le soir, ou pour explorer les anciennes fortifications et les sites archéologiques, ou encore les villas où Napoléon a vécu pendant son exil.

La plus proche de la Corse et la seule d'origine volcanique, voilà les deux facteurs qui la caractérisent. En été, elle est souvent une escale privilégiée des voiliers avant d'accoster en Corse, tandis qu'en hiver, elle est une destination pour les amateurs de randonnées. Si, en revanche, vous arrivez pour y séjourner, vous découvrirez son charme fait de fonds sableux et rocheux, de criques, de grottes et de ravins aux eaux cristallines où l'on peut apercevoir toutes sortes d'habitants marins. À découvrir également, la Cala Rossa, la première que l'on aperçoit en arrivant de l'île d'Elbe, immédiatement reconnaissable à ses parois rocheuses de couleur pourpre qui se reflètent dans la mer.

Bien que son nom dérive du latin aegilium, chèvre, elle n'est aujourd'hui plus habitée par des chèvres. En revanche, elle abrite de petites criques à l'eau turquoise, dont certaines ne sont accessibles que par la mer, comme la plage de Caldane. Les centres habités sont au nombre de trois : Giglio Porto, le seul port de l'île, aux eaux incroyablement claires et rempli de petites boutiques et de restaurants ; Giglio Campese, qui est devenu un centre touristique grâce à sa longue plage ; et Giglio Castello, le plus caractéristique, un village médiéval fait de montées et de descentes et de ruelles étroites.

Avec sa forme de demi-lune, l'île de Giannutri, ou Isola dei Gabbiani, est l'île la plus méridionale de l'archipel. Elle est accessible en une heure de bateau depuis Giglio ou Monte Argentario, à partir de Porto Ercole ou Porto Santo Stefano. La majeure partie de l'île et la mer environnante constituent une zone protégée et il n'y a que deux couloirs d'accès pour les bateaux. On ne peut circuler librement qu'entre Cala Maestra et Cala Spalmatoio, où se trouvent également les vestiges de la Villa Domizia, une ancienne villa romaine commandée par la famille de Néron.

Gorgona, la plus petite et la plus septentrionale des îles, abrite une colonie pénitentiaire et est donc l'une des îles les plus protégées de l'archipel. L'accès est limité à un maximum de 100 personnes par jour et des excursions guidées sont organisées en accord avec l'autorité du parc et la direction de la prison.

De même, Pianosa, appelée ainsi en raison de son terrain plat, a accueilli une prison de haute sécurité jusqu'en 2011. Aujourd'hui, l'accès à l'île reste limité afin de préserver son patrimoine naturel.

Enfin, l'île de Montecristo, sauvage et inhabitée, est reconnue comme réserve naturelle d'État et fait partie du réseau européen de réserves biogénétiques. L'accès y est strictement réglementé, avec un maximum d'environ 2 000 visiteurs par an.